问题背景

在.NET Framework 项目使用新版的Microsoft.Data.Sqlite 9.0或System.Data.SQlite 2.0版时在尝试创建SqliteConnection对象时，系统无法正确加载SQLite的本地库文件。报错：System.DllNotFoundException:“无法加载 DLL“e_sqlite3”: 找不到指定的模块。

错误现象分析

错误信息显示系统尝试从三个不同位置加载e_sqlite3.dll文件：

项目输出目录下的runtimes\win-x64\native子目录
项目输出目录根目录
项目输出目录根目录（使用斜杠路径）
然而，实际观察发现：

e_sqlite3.dll确实存在于输出目录中
但缺少runtimes文件夹及其子目录结构
系统报告"不是Win32应用程序"的错误提示

根本原因

Microsoft.Data.Sqlite 9.0版本或System.Data.SQlite 2.0版本对.NET Framework项目的本地库加载机制发生了变化。在.NET Core/.NET 5+项目中，NuGet包会自动处理本地库的部署，但在传统的.NET Framework项目中，这一机制可能无法正常工作。
具体来说：

新版本采用了更现代的本地库部署方式，依赖runtimes文件夹结构
.NET Framework的MSBuild系统不会自动处理这种新的资源部署方式
直接放在根目录的DLL可能不是正确的架构版本（如x86 vs x64）

解决方案

方案一：降级到兼容版本
对于.NET Framework项目，可以降级到专门为.NET Framework优化的旧版本：
使用Microsoft.Data.Sqlite 6.0或System.Data.SQlite 1.0
方案二：手动部署本地库
如果必须使用9.x版本，可以手动确保本地库正确部署：

在项目中创建"runtimes"文件夹结构
从NuGet包中提取正确的e_sqlite3.dll文件
确保DLL文件属性设置为"内容"和"始终复制"
方案三：使用SQLitePCLRaw捆绑包
显式添加SQLitePCLRaw捆绑包引用可以解决加载问题：

这会确保正确的本地库加载机制被启用。

最佳实践建议

对于新项目，优先考虑迁移到.NET Core/.NET 5+，以获得更好的兼容性
如果必须使用.NET Framework，考虑锁定Microsoft.Data.Sqlite到6.x版本
在混合环境中，确保所有开发者和构建服务器都使用相同的工具链
考虑在应用启动时添加日志，记录实际加载的SQLite版本和路径

技术原理深入

Microsoft.Data.Sqlite底层依赖SQLitePCLRaw来加载本地SQLite引擎。在9.x版本中，这个机制被更新为使用更现代的"runtimes"文件夹结构，这是.NET Core引入的跨平台本地库部署方案。然而，.NET Framework的MSBuild系统没有内置对这种新方案的支持，导致本地库无法正确部署。

当系统尝试加载DLL时，会遇到两种典型错误：

"找不到指定模块" - 表示文件路径正确但依赖项缺失
"不是Win32应用程序" - 表示文件架构不匹配（如尝试加载x64 DLL到x86进程）
理解这些错误模式有助于快速诊断和解决类似问题。

引自：https://blog.gitcode.com/79b6a4cbc1c12344b6076799761e8068.html